• PER a participat la alegerile legislative din mai 1990, obţinând 8 mandate la Camera Deputaților și unul la Senat.
• Cele mai multe voturi au fost obținute în marile orașe cu un grad de poluare mai ridicat: Brașov, Sibiu, Alba Iulia, Bacău, București.
• La 26 noiembrie 1991 PER a participat la fondarea Convenţiei Democrate Române, alături de PNȚ-CD PNL, PSDR, PAC, UDMR și de formaţiunile civile din Forumul Democratic Antitotalitar din România (FDAR). Participând pe liste comune cu ceilalţi membri ai alianţei, PER a obținut, la alegerile din 27 septembrie 1992, patru mandate pentru Camera Deputaților.
• Congresul de la Brașov (8-9 iunie 1996) a adoptat un nou Statut și un nou Program și a ales conducerea: Președinte-Otto Weber, Prim-Vicepreședinte Cornel Protopopescu, Președinte de Onoare – Anghel Rugină, Vicepresedinți – Mihai Meașnicov, Ioan Baraș, Ioan Roșca, Vasile Ghiga, Președinte al Organizației de Tineret – Claudiu Protopopescu.
• La alegerile legislative din 3 noimbrie 1996, PER a paticipat din nou pe listele CDR, obținând doua mandate de deputat și trei de senator.
  În august 2000, când CDR s-a reorganizat PER a ieșit din alianță, încercând coagularea unui pol ecologist în jurul său. Acest scop a fost îndeplinit prin crearea Polului Ecologist din România, la 19 septembrie 2000, alături de Partidul Alternativa Verde “Ecologiștii” și de Convenția Ecologistă din Romania (vezi Polul Ecologist din România).
• Polul Ecologist nu a reușit să obtină voturile necesare intrării în Parlament… la alegerile legislative din 26 noiembrie 2000, când a obținut rezultate sub așteptări pentru Camera Deputaților și pentru Senat. Acest eșec a determinat formarea unui Comitet de inițiativă pentru reorganizarea partidului, alcătuit din Cornel Protopopescu, Valentin Vasilescu, Adrian Panzatescu, Claudiu Protopopescu, Anton Creană, Anghei Mihăilescu, Vasile Grecu, Gabriela Bosneajoan și Nicolae Mureșan.
• În ședința din 21 iulie 2001 a Senatului, a fost suspendat întregul Birou Executiv, în frunte cu Otto Weber, și a fost creat un Comitet pentru organizarea unui Congres Extraordinar.
• De asemenea, Congresul a stabilit strategia partidului pentru următoarea perioadă, în sensul creării unui singur partid ecologist în România, prin fuziunea partidelor existente. În cursul anului 2002, Partidul Ecologist Român a demarat tratativele de fuziune cu Partidul Alternativa Verde “Ecologiștii” și Convenția Ecologistă din România, iar la 1 martie 2003 a avut loc fuziunea acestora, în cadrul unui Congres Extraordinar.
• Congresul a ales conducerea (Cornel Protopopescu – Președinte, Dan Hazaparu – Președinte al Consiliului Național, Marius Mateescu – Președinte executiv, doi Prim-Vicepreședinți – Mihail Marinescu, Vasile Grecii, secretar General – Octavian Ciobotă, 15 vicepreședinți) și a adoptat un program care are ca obiectiv, pentru alegerile legislative din anul 2004, obţinerea unui rezultat care să permită participarea la guvernare.
• Congresul Extraordinar al Partidului Ecologist Român din 5 Iunie 2005… a adoptat un nou Statut, un nou Program Politic și a ales o nouă conducere: Petru Lificiu – președinte; Octavian Ciobotă – președinte al Consiliului Național, Marius Mateescu – președinte executiv; Viorel Anton – secretar general; Danuț Pop – prim-vicepreședinte, Ioan Utiu – prim-vicepreședinte; Vasile Grecu – prim-vicepreședinte.
• În data de 8 Septembrie 2007 cu ocazia întrunirii Biroului Executiv Central al Partidului Ecologist Român domnul Petru Lificiu și-a dat demisia din funcția de președinte al Partidului Ecologist Român.
• În data de 6 Noiembrie 2007 la Consiliul Național Extraordinar al Partidului Ecologist Român se ia act de demisia din funcția de președinte executiv a domnului Marius Mateescu.
• Consiliul Național Extraordinar al Partidului Ecologist Român hotărăște ca până la Congresul Extraordinar din primăvara anului 2008 conducerea partidului să fie asigurată de:
  Președinte – Dănuţ Pop
  Președinte al Consiliului Național – Octavian Ciobotă
  Președinte Executiv Interimar – Vasile Grecu
  Secretar General – Viorel Anton
  Prim-Vicepreședinte – Ioan Uțiu
• Consiliul Național Extraordinar al Partidului Ecologist Român din 6 Noiembrie 2007 a hotărât ca la alegerile locale din anul 2008 să participe pe liste proprii.
• În urma Congresului din data de 23.02.2008 a fost stabilită următoarea conducere centrală a Partidului Ecologist Român:
  Președinte – Dănut Pop
  Președinte al Consiliului Național – Octavian Ciobotă
  Președinte Executiv – Vasile Grecu
  Secretar General – Cristian Jura
• În urma Congresului de comasare prin absorbție a Partidului Uniunea Ecologistă din România în P.E.R. realizat în 14.07.2012, stuctura funcțiilor de conducere la nivel central a fost stabilită după cum urmează:
  Președinte – Dănuț Pop
  Președinte de Onoare – Mircea Coșea
  Președinte al Consiliului Național –Protopopescu Cornel
  Președinte Executiv – Grecu Vasile
  Prim- Vicepreședinte – Ionuț Georgescu
  Secretar General – Gheorghe Donțu
  Secretar Genera Adjunct – Dumitru Bădrăgan
• Congresul Extraordinar din 26 ianuarie 2013 a adus schimbări la nivelul conducerii:
  Președinte – Dănuț Pop
  Președinte de Onoare – Mircea Coșea
  Președinte Executiv – Radu Popa
  Prim-Vicepreședinte – Manolache Cristinel
  Președintele Consiliului Național – Dumitru Bădrăgan
  Secretar General – Goidescu Ionuț
  Secretar General Adjunct – Dobre Viorel
• Congresul Extraordinar din 6 mai 2017 a adus schimbări la nivelul conducerii:
  Dănuţ Pop     –       Preşedinte
  Cătălin Namaescu  –  Prim-vicepreşedinte
  Mircia Gutau      –      Prim-vicepreşedinte
  Cristian Anghel       –     Prim-vicepreşedinte
  Cristinel Deaconescu  –   Secretar General Adjunct
  Mirica Dimitrescu  –   Vicepreşedinte
  Bianca Vasile            Vicepreşedinte
  Viorel Dobre            Vicepreşedinte
  Mircea Vintilescu    Vicepreşedinte
  Ovidiu Zara            Vicepreşedinte